雖然喝檸檬水好處多，但也要當心喝檸檬水的幾個誤區。有人說，早起第一杯水喝檸檬水有助于排毒。
這種做法極其傷胃，檸檬水的酸堿值可達2·8以下，空腹食用極易傷胃，會使人的營養吸收能力下降。另外，有的女性爲了美容和減肥，每天喝大量的檸檬水，經常靠喝檸檬水充饑而不吃正餐。如果每天飲用過多檸檬水，則會傷胃，她建議每天飲用檸檬水的量應不超過1000ml。
在飲食方法上泡檸檬水應使用溫熱水，帶皮泡，以淡爲宜。有人擔心太熱的水泡檸檬會使維生素c損失，劉濤表示，由于檸檬的酸性較強，維生素c在酸性條件下耐熱性較好，泡檸檬片的水溫度高于60°c也沒問題。而檸檬皮有一些苦味的類黃酮物質，淡淡的苦味，和酸味配合，天熱時更能解渴。除了檸檬皮外，也可以搭配茶來泡。
並不是所有人群都適宜大量飲用檸檬水，也並不是在所有時期都適合飲用檸檬水。
孕婦可以飲用檸檬水，但不能多喝，檸檬表面也應使用鹽水泡等方法處理幹淨。檸檬水對寶寶的胃刺激性過強，所以寶寶盡量不要飲用。同時胃酸過多者和胃潰瘍患者也建議少飲用檸檬水。檸檬水在春天不宜多食，夏秋食用效果較好。檸檬中含有光敏物質，紫外線下很容易吸收紫外線使皮膚産生黑點及斑點，所以喝檸檬水後應少曬太陽。凡事有利有弊，再好的東西用過頭都會有副作用，喝檸檬水也是這樣，講究科學方法，適量飲用，才能起到好作用。
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