蘑菇不易保存，如果含水分較多，存儲不當容易發生黴變或變質。有的消費者買回蘑菇後，習慣于儲藏在冰箱裏，其實，正確的方法應該是將新鮮蘑菇放在陰涼處保存。
由于蘑菇表面有黏液，泥沙粘在上面不易洗淨。清洗蘑菇時可先在水裏放點食鹽，然後將蘑菇放在鹽水裏泡一會兒再洗，但不要長時間浸泡，以免吸水過多。烹調時要煮熟炒透後再吃。食用野生菌不要雜，最好每次只吃一種，而且不要食用太多。同時，食用野生菌時不宜飲酒，以防毒素和酒精起反應。
在蘑菇家族中，金針菇、香菇、草菇和平菇被稱爲“四大食用菌”。金針菇中賴氨酸的含量特別高，含鋅量也較高，有促進兒童智力發育和健腦的作用，被譽爲“益智菇”。經常食用金針菇，可預防肝病及胃腸道潰瘍。金針菇還是一種高鉀低鈉食品，特別適合高血壓患者、肥胖者和中老年人食用。金針菇宜熟食，不宜生吃，脾胃虛寒者不宜吃得太多。
香菇不但美容養顔，還能起到降低膽固醇、降血壓的作用。香菇含有維生素d前體，可轉化爲維生素d，能促進體內鈣的吸收。多吃香菇對于預防感冒有一定幫助。正常人多吃香菇能起到防癌作用，癌症患者多吃香菇能抑製腫瘤細胞的生長。發好的香菇要放在冰箱裏冷藏才不會損失營養。
草菇的維生素c含量高，能促進人體新陳代謝，提高機體免疫力，而且具有解毒作用。如鉛、砷、苯進入人體時，可與其結合，促使其隨小便排出。草菇能夠減慢人體對碳水化合物的吸收，是糖尿病患者的上選食品。草菇還能消食祛熱、增加乳汁，以及防止壞血病、促進創傷愈合、護肝健胃等，是優良的食藥兼用型的營養食品。草菇適于做湯或素炒，無論鮮品還是幹品都不宜浸泡時間過長。
平菇富含多糖，能提高機體免疫力，對腫瘤細胞有抑製作用。平菇還具有降血壓和膽固醇的作用，可預防老年心血管疾病和肥胖症的發生。平菇能改善植物神經紊亂，對婦女更年期綜合征有輔助治療效果。
蘑菇營養價值較高，適于廣大老百姓食用，尤其適宜老年人、免疫力低下、高血壓、糖尿病患者食用。但蘑菇性滑，便泄者慎食。
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